地質図は星住ほか（2002）月刊地球に基づく．鳥瞰図は国土地理院の数値地図を利用し，カシミールを用いて作成

古期雲仙前期（50-30万年前）の噴出物（地質図上で青〜水色）は，雲仙地溝の南北の端にあたる金浜断層・千々石断層の外側に分布し，厚い溶岩流と火砕流堆積物（block and ash flow deposit）およびその下流側に分布する土石流堆積物からなる．金浜断層南側では雲仙火山噴出物の基盤直上に軽石質の火砕流堆積物が認められる．これらの噴出物は現在の雲仙火山の山頂部から供給されたと考えられ，その後の雲仙地溝の沈降によって地下に埋没したものと考えられる．

古期雲仙後期（30-15万年前）の噴出物（地質図上で緑〜黄緑色）は，雲仙火山西部では金浜断層・千々石断層にはさまれた地溝内部を埋積しており，ほぼすべてが厚い溶岩流からなる．東側では地溝の北側に26-21万年前の溶岩流が分布するほか，新期雲仙火山噴出物に覆われた17-22万年前の溶岩流及び石質火砕流堆積物が断片的に分布する．

新期雲仙火山（15万年以降）の噴出物（黄〜橙色）は，その噴出中心が雲仙火山のやや東側に偏ってているため，主に雲仙火山の東側斜面を覆っている．火山体は主に小型の溶岩ドームとそれに伴う火砕流堆積物からなる．また，幾つかの山体崩壊地形が認められる．

新期雲仙火山を中心とする地質図